Der Lübecker Hafen ist gegenwärtig der größte Ostseehafen Deutschlands und gilt gleichzeitig als größter Fährschiffhafen und zweitgrößter Papier-Terminal Europas. Der Hafen Lübecks besteht aus neun Seehafenbecken und zwei Binnen- und Kanalhäfen in Lübeck und Lübeck-Travemünde (Skandinavienkai.) 

Skandinavienkai - Im Hintergrund die Ortsmitte von Travemünde 

Während in den Stadthäfen der Güterverkehr abgewickelt wird, lediglich am Nordlandkai wird durch die MSTranslubeca kombinierter Fracht- und Passagierverkehr ermöglicht, dient der Skandinavienkai dem kombinierten Fracht- und Passagierverkehr mit Fährschiffen. Hier sind acht Roll on/Roll-off Fähranlager vorhanden, darunter drei Anleger für den 
Eisenbahntrajektverkehr mit Finnland. Am Nordland-Kai sind fünf Fähranleger in Betrieb. 

Die meisten der 80 Abfahrten der 35 Schiffe pro Woche gehen nach Skandinavien.  Hierbei haben sich die einzelnen Häfen Lübecks auf ein bestimmtes Zielland und eine bestimmte Güterart spezialisiert: 

Skandinavienkai   : Schweden /Finnland - Passagiere, RoRo-Verkehr
Vorwerker Hafen/Nordlandkai : Finnland    - Forstprodukte, Getreide, RoRo-Verkehr
Schlutup    : Schweden  - Forstprodukte
Konstinkai    : Schweden/Finnland  - Massengut

Blick vom Nordlandkai über den Vorwerker Hafen

Die Lübecker Stadthäfen - insbesondere der Vorwerker Hafen mit dem Nordland-Kai haben überdies eine günstige Anbindung an die Bundesautobahn A1. Ebenfalls ist die Straßenverbindung vom Skandinavienkai in Travemünde über die B75 zur Autobahn A226 günstig ausgebaut worden. Über die Hafenbahnhöfe haben die Stadthäfen einen direkten Anschluß an das Schienennetz der Deutschen Bundesbahn. Dies gilt insbesondere auch für die Hafenanlagen in Lübeck-Travemünde / Skandinavienkai. Der Hafen Schlutup besitzt einen unmittelbaren Anschluß an die Autobahn. Außerdem können Ganzzüge be- und entladen werden.Am Konstinkai an der Neuen Hafenstraße werden jährlich 18000 Trailer verladen, die Verkehrsbelastung ist für die Stadt - hier besonders im Bereich der Marienbrücke - größer geworden. 

Neben dem Fährverkehr umfaßt der öffentliche Umschlag den sogenannten konventionellen Verkehr (Lift on/Lift off-Umschlag und Flüssiggutumschlag). Der Lo/Lo-Verkehr umfaßt den Wallhafen mit Roddenkoppel-Kai und Kulenkamp-Kai (Salz, Kali, Düngemittel, Getreide, Zellulose),  Hansahafen mit Hanse-Kai (Getreide, Zellulose, Holzhackschnitzel), Burgtorhafen (Getreide, Getreideprodukte/Fa. Brüggen) mit Konstinkai ( Waldprodukte, Getreide, Düngemittel, Containerverkehr) 
Vorwerker Hafen mit Silo-Kai (Getreide und Ölsaaten) und Nordlandkai (Waldprodukte aus Finnland: Zellulose bis Kopierpapier). 
Am Schlutuper Hafen werden Waldprodukte aus Schweden sowie Autos umgeschlagen. Der Großteil des finnischen Automobilimports wird im RoRo-Verkehr im Nordlandkai abgewickelt. Zu den öffentlichen Anlagen gehören der Fischereihafen Schlutup, die Fischereibrücke Travemünde, die Kaiserbrücke Travemünde, der Ostpreußen-Kai Travemünde 
und Hillenberg Travemünde. 
Private Hafenanlagen liegen z.T. im Stadtgebiet (Havemann, O+K-Werft/Krupp Fördertechnik, Viehhof) und überwiegend im Bereich der Herrenbrücke (Flender-Werft, Lehmann-Kai, NWK Siems-Dänischburg).